Ia juga diduga terlibat dalam kasus dugaan gratifikasi terkait penyaluran dana otsus Papua.
Pada Januari 2023, Lukas Enembe ditangkap oleh KPK saat berada di Jayapura. Ia diduga menerima suap dari seorang pengusaha terkait proyek infrastruktur di Papua. Ia dibawa ke Jakarta untuk menjalani pemeriksaan.**