Tepat di halaman rumahnya, sang jenderal ditembak sebutir peluru di bagian kepalanya. DI Panjaitan pun gugur di tempat.
Jenazah DI panjaitan bersama lima jenderal lainnya dimasukkan ke dalam sumur tua untuk menghilangkan jejak.
Pada 5 Oktober 1965, jenazah enam jenderal dan satu perwira TNI AD korban G30S/PKI dimakamkan di Taman makam Pahlawan Kalibata Jakarta Selatan.
Di Panjaitan dicatat sebagai salah satu Pahlawan Revolusi berdasarkan Surat Keputusan Presiden RI nomor III/Koti/Tahun 1965.***