Pasca kemerdekaan, DI Panjaitan membentuk TKR dan diangkat sebagai Komandan Batalyon
1948 menjadi Komandan Pendidikan Devisi IX/Banteng di Bukittinggi
Kepala Staf Umum IV Komandan Tentara Sumatera
Pimpinan Perbekalan Perjuangan Pemerintahan Darurat Republik Indonesia (PDRI) pada Agresi Militer Belanda II tahun 1948
Kepala Staf Operasi tentara dan Teritorium I Bukit Barisan di Medan, Sumatera Utara
Kepala Staf Tentara dan Teritorium II Sriwijaya
Baca Juga: Profil Muchdi Purwopranjono, Diduga Dalang Dibalik Kasus Pembunuhan Munir
Atase Militer RI di Bonn, Jerman Barat
Asisten IV Menteri/Panglima Angkatan Darat dan mendapat tugas belajar ke Amerika Serikat
Kisah perjuangan DI Panjaitan berakhir di Lubang Buaya. Prajurit Tjakrabirawa menembak secara membabi buta rumah brigadir Jenderal DI Panjaitan di Jalan Sultan Hasanudin,Kebayoran baru Jakarta Selatan, pada Jumat dini hari, 1 Oktober 1965.